Genomic and epidemiological monitoring of yellow fever virus transmission potential

Faria, N. R.; Kraemer, M. U. G.; Hill, S. C.; Goes de Jesus, J.; Aguiar, R. S.; Iani, F. C. M.; Xavier, J.; Quick, J.; du Plessis, L.; Dellicour, S.; Thézé, J.; Carvalho, R. D. O.; Baele, G.; Wu, C.-H.; Silveira, P. P.; Arruda, M. B.; Pereira, M. A.; Pereira, G. C.; Lourenço, J.; Obolski, U.; Abade, L.; Vasylyeva, T. I.; Giovanetti, M.; Yi, D.; Weiss, D. J.; Wint, G. R. W.; Shearer, F. M.; Funk, S.; Nikolay, B.; Fonseca, V.; Adelino, T. E. R.; Oliveira, M. A. A.; Silva, M. V. F.; Sacchetto, L.; Figueiredo, P. O.; Rezende, I. M.; Mello, E. M.; Said, R. F. C.; Santos, D. A.; Ferraz, M. L.; Brito, M. G.; Santana, L. F.; Menezes, M. T.; Brindeiro, R. M.; Tanuri, A.; dos Santos, F. C. P.; Cunha, M. S.; Nogueira, J. S.; Rocco, I. M.; da Costa, A. C.; Komninakis, S. C. V.; Azevedo, V.; Chieppe, A. O.; Araujo, E. S. M.; Mendonça, M. C. L.; dos Santos, C. C.; dos Santos, C. D.; Mares-Guia, A. M.; Nogueira, R. M. R.; Sequeira, P. C.; Abreu, R. G.; Garcia, M. H. O.; Abreu, A. L.; Okumoto, O.; Kroon, E. G.; de Albuquerque, C. F. C.; Lewandowski, K.; Pullan, S. T.; Carroll, M.; de Oliveira, T.; Sabino, E. C.; Souza, R. P.; Suchard, M. A.; Lemey, P.; Trindade, G. S.; Drumond, B. P.; Filippis, A. M. B.; Loman, N. J.; Cauchemez, S.; Alcantara, L. C. J.; Pybus, O. G.

doi:10.1126/science.aat7115

Genomic and epidemiological monitoring of yellow fever virus transmission potential

Faria, N. R.; Kraemer, M. U. G.; Hill, S. C.; Goes de Jesus, J.; Aguiar, R. S.; Iani, F. C. M.; Xavier, J.; Quick, J.; du Plessis, L.; Dellicour, S.; Thézé, J.; Carvalho, R. D. O.; Baele, G.; Wu, C.-H.; Silveira, P. P.; Arruda, M. B.; Pereira, M. A.; Pereira, G. C.; Lourenço, J.; Obolski, U.; Abade, L.; Vasylyeva, T. I.; Giovanetti, M.; Yi, D.; Weiss, D. J.; Wint, G. R. W.; Shearer, F. M.; Funk, S.; Nikolay, B.; Fonseca, V.; Adelino, T. E. R.; Oliveira, M. A. A.; Silva, M. V. F.; Sacchetto, L.; Figueiredo, P. O.; Rezende, I. M.; Mello, E. M.; Said, R. F. C.; Santos, D. A.; Ferraz, M. L.; Brito, M. G.; Santana, L. F.; Menezes, M. T.; Brindeiro, R. M.; Tanuri, A.; dos Santos, F. C. P.; Cunha, M. S.; Nogueira, J. S.; Rocco, I. M.; da Costa, A. C.; Komninakis, S. C. V.; Azevedo, V.; Chieppe, A. O.; Araujo, E. S. M.; Mendonça, M. C. L.; dos Santos, C. C.; dos Santos, C. D.; Mares-Guia, A. M.; Nogueira, R. M. R.; Sequeira, P. C.; Abreu, R. G.; Garcia, M. H. O.; Abreu, A. L.; Okumoto, O.; Kro...

Authors

N. R. Faria

M. U. G. Kraemer

S. C. Hill

J. Goes de Jesus

R. S. Aguiar

F. C. M. Iani

J. Xavier

J. Quick

L. du Plessis

S. Dellicour

J. Thézé

R. D. O. Carvalho

G. Baele

C.-H. Wu

P. P. Silveira

M. B. Arruda

M. A. Pereira

G. C. Pereira

J. Lourenço

U. Obolski

L. Abade

T. I. Vasylyeva

M. Giovanetti

D. Yi

D. J. Weiss

G. R. W. Wint

F. M. Shearer

S. Funk

B. Nikolay

V. Fonseca

T. E. R. Adelino

M. A. A. Oliveira

M. V. F. Silva

L. Sacchetto

P. O. Figueiredo

I. M. Rezende

E. M. Mello

R. F. C. Said

D. A. Santos

M. L. Ferraz

M. G. Brito

L. F. Santana

M. T. Menezes

R. M. Brindeiro

A. Tanuri

F. C. P. dos Santos

M. S. Cunha

J. S. Nogueira

I. M. Rocco

A. C. da Costa

S. C. V. Komninakis

V. Azevedo

A. O. Chieppe

E. S. M. Araujo

M. C. L. Mendonça

C. C. dos Santos

C. D. dos Santos

A. M. Mares-Guia

R. M. R. Nogueira

P. C. Sequeira

R. G. Abreu

M. H. O. Garcia

A. L. Abreu

O. Okumoto

E. G. Kroon

C. F. C. de Albuquerque

K. Lewandowski

S. T. Pullan

M. Carroll

T. de Oliveira

E. C. Sabino

R. P. Souza

M. A. Suchard

P. Lemey

G. S. Trindade

B. P. Drumond

A. M. B. Filippis

N. J. Loman

S. Cauchemez

L. C. J. Alcantara

O. G. Pybus

Abstract

The yellow fever virus (YFV) epidemic in Brazil is the largest in decades. The recent discovery of YFV in Brazilian Aedes species mosquitos highlights a need to monitor the risk of reestablishment of urban YFV transmission in the Americas. We use a suite of epidemiological, spatial, and genomic approaches to characterize YFV transmission. We show that the age and sex distribution of human cases is characteristic of sylvatic transmission. Analysis of YFV cases combined with genomes generated locally reveals an early phase of sylvatic YFV transmission and spatial expansion toward previously YFV-free areas, followed by a rise in viral spillover to humans in late 2016. Our results establish a framework for monitoring YFV transmission in real time that will contribute to a global strategy to eliminate future YFV epidemics.

Citation

Faria, N. R., Kraemer, M. U. G., Hill, S. C., Goes de Jesus, J., Aguiar, R. S., Iani, F. C. M., …Pybus, O. G. (2018). Genomic and epidemiological monitoring of yellow fever virus transmission potential. Science, 361(6405), 894-899. https://doi.org/10.1126/science.aat7115

Journal Article Type	Article
Acceptance Date	Jul 20, 2018
Online Publication Date	Aug 23, 2018
Publication Date	Aug 31, 2018
Deposit Date	Dec 14, 2020
Publicly Available Date	Jun 17, 2021
Journal	Science
Print ISSN	0036-8075
Electronic ISSN	1095-9203
Publisher	American Association for the Advancement of Science
Peer Reviewed	Peer Reviewed
Volume	361
Issue	6405
Pages	894-899
DOI	https://doi.org/10.1126/science.aat7115
Keywords	Multidisciplinary
Public URL	https://rvc-repository.worktribe.com/output/1442318
Related Public URLs	https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30139911/